هذا بالضبط.
ولا تحتاج لعمل config يدوي لكل خدمة, هناك حاويات تقوم بالاتصال مباشرة وعمل proxy دون الحاجة لكتاب config يدوي, مثل Nginx-proxy
الاثنين ممكن, إنشاء حاوية منفصله لكل خدمة يسهل الصيانة والنسخ, لان باختصار النسخ الاحتياطي سوف يكون نسخ كامل ملفات Volumes او عمل Dumbb لقاعدة البيانات الكاملة.
لكن سيكون استخدام الموارد طبعا اكثر, فعلى حسب اذا كانت الموارد فعلا قليله اجعلها داخل حاوية واحدة وأنشئ عدة قواعد بيانات داخلها.
ايضا انصحك تستخدم MariaDB بدلا MySql.
Portainer واجهه رسومية لDocker, وهي محدودة ببعض الأشياء حتى تشترك بالخدمة المدفوعة.
عن نفسي انصحك بالتعلم على Docker compose و Docker مباشرة, فهي المعرفة الحقيقية, وبعدها بإمكانك تستخدم اي واجهه رسومية تريدها, فهي كلها تعتمد على نفس الأفكار, ونفس الميزات اذا كانت تعتمد على Docker.